A técnica de genotipagem em diferentes escalas, acompanhado do uso de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) está sujeita a inconsistências e a avaliação da qualidade das amostras e marcadores garante maior confiabilidade das análises estatísticas, além de diminuir o número de informações irrelevantes otimizando a análise computacional dos dados, sem afetar a precisão dos resultados. Assim, o objetivo deste trabalho é analisar diferentes níveis dos critérios de controle de qualidade de marcadores SNPs em um banco de dados de búfalas com aptidão leiteira. Dados genômicos, pertencentes a três fazendas, foram cedidos pela Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias da Universidade Estadual Paulista (UNESP), campus Jaboticabal. Os animais foram genotipados com o chip 90K Axion® Buffalo Genotyping (116169 marcadores), tendo como referência o genoma bovino, visto que, ainda não há chip específico para a espécie Bubalus bubalis. Para adequar os dados fornecidos ao formato solicitado pelo programa usado para consistência dos marcadores e exclusão dos cromossomos sexuais foi utilizado o software Cygwin. O controle de qualidade (CQ) do banco de dados contendo 322 animais (amostras) foi feito por meio do software PLINK 1.07, no qual os dados foram filtrados com base na frequência do alelo menor (minor allele frequency – MAF), porcentagem de SNPs válidos na população (call rate) e equilíbrio de Hardy–Weinberg (EHW). Foram adotados dois níveis de CQ sendo 1) 0,05 MAF; 0,95 Call rate (menos rigoroso) e 2) 0,02 MAF; 0,98 Call rate (mais rigoroso) e para ambos EHW de 10^-6. Concluída a análise, obteve-se para o nível 1 o total de 58666 marcadores (autossômicos) viáveis e, para o nível 2, 47191 marcadores. A partir destes resultados, será verificada a influência do controle de qualidade dos dados genômicos sobre o estudo da estrutura da população em questão e suas implicações no melhoramento de búfalas leiteiras.