O crescente contrabando de cigarros e agrotóxicos pela fronteira do Mato Grosso do Sul, em Ponta Porã, com o Paraguai, assim como as restrições legais para descarte dos resíduos sólidos, são um problema emergente para a Administração Aduaneira local. Neste artigo, busca-se analisar o problema dos resíduos de mercadorias apreendidas a serem destruídas, ingressadas no País como contrabando, especificamente, cigarros e agrotóxicos. Para tanto, verifica-se a normatização legal e administrativa pertinente e estudam-se boas práticas publicadas na gestão desses resíduos. Assim, por meio de estudo de caso exploratório, são utilizados os dados extraídos de relatórios internos da Secretaria Especial da Receita Federal do Brasil (RFB), para estabelecer quais as melhores práticas para resolver o problema dos resíduos. Os resultados quantitativos sugerem rapidez na adoção de parcerias para a destruição de agrotóxicos, da mesma forma que já existem para cigarros e mercadorias pirateadas.